Segons el SubComitè de Reaccions Adverses a Aliments de la European Academy of Allergology and Clinical Imnunology (EAACI) las reacciones adverses a aliments es classifiquen en dos grans grups:

Reacciones adverses tòxiques que poden afectar a qualsevol persona (per exemple, la salmonel·losi, les intoxicacions per bolets, per pesticides, etc.).

Reaccions adverses no tòxiques que únicament afecten a persones amb una predisposició particular. Aquestes poden ser:

1. Mediades per mecanismes immunològics:
   Mediades per IgE: al·lèrgia alimentària
   No mediades per IgE: enteropatia per gluten (celiaquia) o enteropatia per proteïnes de llet de vaca.
   No mediades per mecanismes immunològics: intoleràncies: per dèficits enzimàtics com la intolerància a la lactosa, la galactosèmia, la fenilcetonúria; per accions farmacològiques dels aliments o per mecanismes immunològics no demostrats, falses al•lèrgies, etc.